น้ำดื่มที่ใส่ขวดขาย ใช่ว่าจะปลอดภัยทั้งหมด แม้แต่ในสหรัฐอเมริกา พบว่า มีสิ่งต่างๆ ปนเปื้อนในน้ำดื่มจำนวนมากกว่า 2,100 ชนิด มี 190 ชนิด ที่อันตรายต่อสุขภาพ และ 97 ชนิด เป็นสารก่อมะเร็ง
บริษัทผลิตน้ำบรรจุขวดที่ไม่ได้มาตรฐาน จะมองข้ามปัญหาสิ่งปนเปื้อน เพราะรู้ว่าผู้บริโภคจะไม่ทราบ ไม่สังเกตเห็น สารเคมีและโลหะหนักที่ปนเปื้อนมาในน้ำดื่ม เป็นอันตรายต่อสุขภาพอย่างยิ่ง น้ำดื่มบรรจุขวด จะดูใส และดูปลอดภัยกว่าน้ำประปา แต่ความจริงแล้ว ร้อยละ 25 ของน้ำดื่มบรรจุขวดนั้นเพียงนำน้ำประปามาใส่ขวด และปรับปรุงอีกเล็กน้อยเท่านั้น
อย่างไรก็ดี น้ำดื่มบรรจุขวดในประเทศไทย มีการควบคุมจากคณะกรรมการอาหารและยา จึงอาจมั่นใจในความปลอดภัยได้ระดับหนึ่ง เพราะจะควบคุมคุณภาพการผลิตอย่างต่อเนื่อง เพื่อคงชื่อเสียงไว้ แต่โรงงานผลิตน้ำดื่มบางแห่งอาจมีคุณภาพเพียงตอนขอใบอนุญาตเท่านั้น บางแห่งไม่มีหนังสือรับรอง Good Manufacturing Practice (GMP) บางครั้งไม่ผ่านการกรองแม้แต่ระดับเดียว เพียงแต่บรรจุน้ำเข้าไปในขวดจากน้ำประปาที่ทิ้งให้กลิ่นคลอรีนระเหยไปก่อนเท่านั้น เราอาจตัดสินใจซื้อเพียงเพราะเห็นขวดที่ดูน่าจะสะอาดดี และราคาถูกกว่าเท่านั้น ดังนั้นหากท่านจะซื้อน้ำดื่มชนิดขวด ก็ควรเลือกจากบริษัทผู้ผลิตที่เชื่อถือได้เท่านั้น